El instituto J.C.Baroja a través de diferentes eventos como mercadillos, recogida de ropa, preparación de platos típicos, elaboración de carteles, preparación de bailes, trajes típicos, etc. colabora con diferentes ONG en programas distintos. En ocasiones para proyectos relacionados con la implantación de una depuradora como en el caso de Haití, charlas, realización de una Unidad didáctica y recogida de dinero son algunas de las actividades que realizamos. En muchos casos la recogida de dinero la hacemos a través de mercadillos y el dinero recaudado donamos a Cruz Roja, Intermon Oxfan y Fundación Santa LOLA.En, en otros casos llevamos comida al comedor París 365.
La colaboración con ONGS también tiene un carácter lúdico como es el caso de “La Feria de las naciones», en estos casos el alumnado extranjero se viste con trajes típicos y baila danzas de su país. La Casa de Ecuador y La Casa de Bulgaria colaboran anualmente con préstamos de trajes típicos y enseñándonos sus danzas.